Seperti tahun-tahun sebelumnya, kegiatan matrikulasi siswa baru di SMANEMA dilaksanakan pada awal tahun ajaran . Kegiatan yang dilaksanakan setelah Masa Orientasi Peserta Didik Baru (MOPDB) ini berbeda dengan tahun-tahun sebelumnya, seluruh kegiatan matrikulasi dipusatkan di Dannis Guardian Jungle Outbond Wonosalam. Sejumlah 256 siswa baru mengikuti seluruh kegiatan selama 2 hari dari tanggal 30 Juni 2012 sampai tanggal 1 Juli 2012
Penyelenggaraan matrikulasi RSBI SMA Negeri Mojoagung merupakan kegiatan yang penting dalam rangka memberikan pengenalan kepada peserta didik baru tentang lingkungan sekolah baru mereka. Selain materi tentang kebijakan dan kurikulum sekolah, matrikulasi kali ini juga dikombinasikan dengan kegiatan outbond sehingga siswa dapat mengenal teman barunya melalui berbagai permainan kerja sama tim dan kepemimpinan.