SMA Negeri Mojoagung berdiri tahun 1986. Diresmikan dan prasasti ditandatangani oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Prof. DR. Fuad Hasan. Berdiri diatas tanah Desa Kauman Kecamatan Mojoagung seluas 10.720 m2.
Pada Awal berdirinya terdiri dari 3 kelas reguler. Setelah berjalan membuka 3 jurusan, IPA,IPS dan Bahasa. Dengan perkembangan masa tahun 1998 hanya 2 jurusan yaitu IPA dan IPS. Sampai sekarang jumlah rombongan belajar telah mejadi 27 kelas. Dengan jumlah guru 65 orang dan dibantu 22 Karyawan.
Sejak berdiri merupakan sekolah yang cukup potensial berkembang di kawasan timur Kabupaten Jombang. Dimulai dengan bantuan /blockgrant untuk menjadi SEKOLAH MODEL (Sekolah binaan Diknas Pusat Jakarta) pada tahun 1999. Setelah lima tahun berturut – turut menjadi Sekolah Model dan menjadi rangking 1 menurut penilaian Pembinaan Sekolah Model, maka pada tahun 2004 SMA Negeri Mojoagung mendapat bantuan untuk Persiapan menjadi Rintisan Sekolah Bertaraf International (RSBI). Satu tahun berikutnya yakni tahun pelajaran 2005 – 2006 mulai membuka Kelas Rintisan SBI. Sampai sekarang SMA Negeri Mojoagung telah menjadi Sekolah Rintisan SBI
Selama ini SMA Negeri Mojoagung telah mengalami 7 kepemimpinan Kepala sekolah
1. Prajitno (1986 – 1991)
2. Poerdjito, B.A ( 1991 – 1992 )
3. Drs. Pandit Soetjipto ( 1992 – 1997)
4. Drs. Sindung Sriwidodo, MM ( 1997 – 2006 )
5. Drs. Sudarto, M.Si ( 2006 – 2011 )
6. Drs. Wawang Hoetawarman, M.Pd (2011 – 2014)
7. Drs. Achmad Damanhuri, M.M (2014-2020)
8. Ahmad, S.Pd., M.T (2020-2023)
9. Drs. Waras, M.MPd (2023-Sekarang)